被孙中山先生预言为“他日当为中国教育泰斗”的蒋梦麟，就是在这样的情势下被推上了北京大学这艘风雨中的危舟。蔡离京之后，北大的校务委托胡适等人负责主持，胡适在内外夹缠中顶不住劲，频频致函蔡氏促返，还致信蒋梦麟，要他合力劝说蔡校长重回北大。而这时的蔡在政府及各界的吁请下已动摇其誓不回北大的那些气话，只是这么快就回转心意太显得自食其言缺少回旋，故以胃疡未愈拖延着，到后来想出个折衷的办法，让得意弟子蒋梦麟先期赶去北大代理校长一职。7月14日，蒋应约到杭州，蔡元培这一日的日记中如是记述：“偕梦麟游花坞，遇雨。梦麟、（汤）和尔在此晚餐，决请梦麟代表至校视事。”

蒋梦麟去北大暂执船舵一事看来在湖光山色的把杯浅酌中就这样搞定了。蔡对蒋说：“大学生皆有自治能力者，君可为我代表到校，执行校务，一切印信，皆交君带去，责任仍由我负之。”蒋经过一番考虑，低调地提出两点要求：一，只代表蔡本人，而非代表北京大学校长；二，仅为蔡之督印者。蔡同意了，握着他手说：“自今以后，君须负极大责任，使大学为全国文化之中心，立千百年之大计。”

蒋梦麟偕南下挽蔡的学生会代表张国焘等离开杭州北上，几乎与此同时，蔡元培致北大教职员的一则启事也已宣布：

本校教职诸君公鉴：元培因各方面督促不能不回校任事。惟胃病未瘳，一时不能到京。今请蒋梦麟教授代表。已以公事图章交与蒋教授。此后一切公牍均由蒋教授代为签行，校中诸事务请诸君均与蒋教授接洽办理。特此奉布。

7月21日，蒋梦麟一行坐火车抵达北京。到校后在学生团体开的欢迎大会上，蒋演讲的主旨是救国与文化。这“文化”不是到处都用来涂抹的万金油，而是出于他“政治究竟只是过眼云烟，转瞬即成历史陈迹，恒久存在的根本问题则是文化”的深切体证。在此之前，他已与朋友胡适之、罗家伦多次讨论过这个问题，此番讲来是洋洋洒洒：“……故诸君当以学问为莫大的任务，西洋文化先进国家到今日之地位，系累世文化积聚而成，非旦夕可比。千百年来，经多少学问家累世不断的劳苦工作而始成今日之文化，故救国之要道，在从事增进文化之基础工作，而以自己的学问功夫为立脚点，此岂摇旗呐喊之运动所可比？”“救国当谋文化之增进，而负此增进文化之责者唯有青年学生。”他决心使北大这一知识沙漠中的绿洲成为中国文化的最高的中心。在蒋看来，学潮也暴露了一种思想和道德上的不安，他希望自己的努力能引领着北大走过这一险滩。

时人分析蔡元培选择蒋梦麟代理校长职务的原因，一是蔡、蒋既是师生，也有同乡之谊；二是蒋与北大多位教授在上海办的《新教育》月刊，办刊宗旨正是蔡元培当教育总长时提出来的主张；三，孙中山先生对蒋非常欣赏，这似乎也是蔡元培把北大校务委托给蒋的一个重要原因。

当代理校长的滋味又如何呢？蔡元培所料不错，学潮胜利后学生们果然为成功之酒所陶醉，竟然取代了学校当局聘请或者解雇教员的权力，如果所求不遂，马上就罢课闹事。教员如果考试严格一点，学生马上就会罢课反对他们。他们要求学校津贴春假的旅行费用，要求津贴活动经费，要求免费发讲义，“他们向学校予取予求，但是从来不考虑对学校的义务。他们沉醉于权力，自私到极点。有人一提到‘校规’，他们就会瞪起眼睛，噘起嘴巴，咬牙切齿，随时预备揍人”。蒋的记述当无夸大的成分。而最大的困难则是校方与政府之间的经济纠纷，政府的校款总不能按时拨到，无法实行预算。蒋说，为此他真是伤透脑筋，政府只有偶尔发点经费，往往一欠就是一两年，无法购置教学设备、扩充校舍，连教授们的工资都发不下去。“学生要求更多的自由行动，政府则要求维持秩序”，一发生学潮，马上找到校长，“不是让他阻止这一边，就是让他帮助那一边”，“日夜奔忙的唯一报酬，就是正两鬓迅速增加的白发”。他写给好友张东荪的一封信中，比喻自己就像一只飞虫投到了蛛网里，一不小心就有蜘蛛从屋角爬出来咬上一口，若无破釜沉舟的决心，早就被吓退了。劳心至极也只有拿王守仁的四句话“东家老翁防虎患，虎夜入室衔其头，西家儿童不识虎，执策驱虎如驱牛”来自嘲了。——人人说市中有虎，我说任凭虎吞了我就罢了，没有吞我之前，我不妨做些做人应该做的事。

有一次，北京高校的数百教员在大群学生簇拥下来到教育部，要求发给欠薪。教员和学生联合起来，强迫教育次长一齐前往总统府。到总统府时，大群武装宪兵蜂拥而出，刺刀乱刺，枪把乱劈，上年纪的教员和年轻的女学生纷纷跌倒沟里，叫的叫哭的哭乱成一片。法政大学校长王家驹像死人一样躺在地上。北大政治学教授李大钊与士兵理论，责备他们毫无同情心，不该欺侮饿肚皮的教员。北大国文系教授马叙伦额头被打肿了一大块，鼻孔流血，对着宪兵大喊：你们就会打自己中国人，你们为什么不去打日本人？这就是轰动一时的“六三”事件，这一事件十足为流氓政府自曝其破坏教育、摧辱民权之铁证，一时引起“京中无教育”之叹，马寅初还为此绝食。

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